San Martín es una zona de fértiles valles y terrenos accidentados, que se extiende desde la meseta andina hasta una pequeña zona de selva baja. En el departamento se fundó en 1549 la primera ciudad española de la selva con el nombre de Santiago de los Ocho Valles de Moyobamba, que sirvió de base para la posterior colonización y desarrollo del departamento y donde se establecieron las primeras órdenes religiosas.

El Parque Nacional Río Abiseo (274.520 ha) forma parte de la selecta lista de lugares declarados Patrimonio Natural y Cultural de la Humanidad por la UNESCO y cuenta con ocho zonas de vida y 36 sitios arqueológicos registrados. El parque tiene 980 especies de flora entre las que destacan bromelias, orquídeas y helechos, más de 220 especies de aves y casi 50 especies de mamíferos como el mono choro de cola amarilla, la taruca, el oso de anteojos y el jaguar, especies en peligro de extinción. En el parque se encuentran también impresionantes vestigios de la cultura Chachapoyas como el Centro Arqueológico del Gran Pajatén, Los Pinchudos y La Playa, etc. cuyas construcciones se caracterizan por ser de piedra, de forma circular y con relieves geométricos y diversas figuras.

Lagunas, reparadores baños termales de aguas medicinales y hermosas cascadas de agua se encuentran diseminados por toda el departamento.
Otros atractivos son el bosque de protección de Alto Mayo y el Parque Nacional de la Cordillera Azul, áreas protegidas que encierran verdaderos tesoros de la naturaleza.

San Martín is a zone full of fertile valleys and rough terrain that is spread out between the Andean mesa and a small area of lower jungle. The first Spanish city in the jungle, named Santiago de los Ocho Valles de Moyobamba, was founded there in 1549. It served as a base for later colonization and departmental growth as well as the site where the first religious orders established themselves.